Los desastres naturales han devastado el planeta Zi, matando a casi toda la vida. Mil años más tarde, los humanos han restablecido gradualmente la civilización, rescatando antiguos Zoids a través de esfuerzos de buceo y minería. En un pueblo cuyo elemento más anterior es una espada gigante a la que adoran como símbolo sagrado. Un adolescente descubre un antiguo Zoid tipo Liger mientras se encuentra en una operación de rescate en aguas profundas. De repente, el pueblo es atacado por biozoides esqueléticos que intentan robar un poderoso generador ubicado en el