En la pacífica teocracia de Simulicram, todo el mundo nace mujer. A los 17 años, cada doncella se somete a una ceremonia especial donde elige su sexo. Sin embargo, solo las parejas de sacerdotisas doncellas pueden sincronizarse con las antiguas naves voladoras conocidas como Simoun, necesarias para defender Simulicram. Estas parejas se abstienen de someterse a la ceremonia mientras deseen seguir pilotando su Simoun.

Aer es reclutado para ser piloto Simoun después de que un aterrador ataque de una nación enemiga diezma el escuadrón conocido como