Aoi Nagisa se transfiere a una de las tres escuelas católicas para niñas afiliadas en Astraea Hill, St. Miator's Girls 'Academy. Allí, descubre una comunidad de compañeros de estudios entrelazados en una intrincada jerarquía, en la que dos Etoiles representan las tres escuelas. Para encajar, Nagisa debe ir a clase, unirse a clubes y hacer nuevos amigos. Mientras tanto, Shizuma Hanazono, la única Etoile de Astraea Hill, se siente atraída por esta nueva y emocionante estudiante transferida. Mientras Shizuma y Nagisa conocen a eac