Después de que el Líder X es aparentemente destruido para siempre al final de Gatchaman II, un fragmento de él que sobrevivió crece y se transforma en Z. Con el jefe de la familia Egobossler, el Conde Egobossler (y sus dos subordinados Mechandol y Kempler), Z está empeñado en destruir la Tierra y el Equipo de Ciencia Ninja, una vez más.

Tras la muerte de Anderson, el Dr. Nambu se ha convertido en el nuevo jefe de la ISO, mientras que el equipo ahora está confinado en la base submarina Gallatown (también conocida como "G-Town"). El ingeniero Kamo es int