Un equipo de científicos utiliza el ADN de un Pokémon raro, Mew, para crear el Pokémon más fuerte del mundo, Mewtwo. No queriendo ser utilizado como un experimento, Mewtwo usa sus poderes psíquicos en una furia violenta para destruir a los científicos que lo crearon. Mewtwo intenta entonces aprender a enfocar sus poderes con la ayuda de Giovanni, el hombre que financió las operaciones de los científicos, pero descubre que se está utilizando de nuevo. Así que Mewtwo decide encontrar su propio propósito en la vida y llevar a cabo su venganza contra los humanos destr