En el año 2201, un año después de que el Yamato salvara a la Tierra de la contaminación radiactiva, surge una nueva amenaza. El Yamato hace su último viaje para salvar a la Tierra de esta nueva amenaza.

La Tierra casi se ha recuperado de la batalla contra Gamilus, y la reconstrucción se ha expandido a los otros planetas. Cuando los antiguos compañeros de tripulación del Yamato descubren un mensaje extraño y confuso que parece provenir de un cometa blanco que se dirige hacia la Tierra, secuestran su antigua fortaleza espacial y comienzan una nueva batalla.<b