Al final de Arcadia of My Youth, el capitán Harlock y la tripulación de la nave espacial Arcadia habían sido desterrados de la Tierra. La Tierra, así como muchos otros planetas del universo habían sido tomados por los Illumidus, una raza de humanoides destructivos que arruinan, esclavizan o destruyen casi cualquier planeta habitable que encuentren. En "Endless Orbit SSX" Harlock lucha contra los Illumidus mientras busca un mítico "Planeta de Paz" donde todos los pueblos del universo puedan vivir libremente y sin guerra.