La historia de la película comienza cuando Arata toca inadvertidamente "Hermes Apocrypha", el Grimorio de Lilith. De repente, es envuelto por una luz blanca brillante, y una chica aparece ante él. Se hace llamar Lilim y trata tanto a Arata como a Lilith como a sus padres. Al mismo tiempo que ella aparece, algo cambia en el mundo. La Biblioteca Eterna prohibida despierta. En la Biblioteca está sellada la culminación final de la Alquimia, el Señor Demonio Blanco. El Señor Demonio Blanco planea eliminar a Arata y la Trinidad S