Un mundo virtual fue creado por la red actual llamada el "Mundo Digital". Nace el “Monstruo Digital”, que es un objeto de vida digital, y el ordenador anfitrión Yggdrasil gestiona las diferentes áreas del Mundo Digital. Sin embargo, desarrolló el Programa X del miedo para eliminar a todos los Digimon en el viejo mundo y desarrollar un nuevo Mundo Digital solo para ciertos Digimon... Ahora, la mayor crisis se acerca al Mundo Digital.
El X-Digimon, un nuevo tipo de Monstruo Digital, es cazado por los Roya