Shiki Tohno sufrió una lesión que amenazó su vida cuando era niño y, debido a ese incidente, fue expulsado de la casa de Tohno y entregado a un pariente para que lo criara. Años más tarde, cuando Shiki está en la escuela secundaria, el jefe de la familia Tohno, su padre, muere, y su hermana Akiha, que es la nueva cabeza de la familia, le ordena que regrese. Sin embargo, Shiki guarda un gran secreto. Desde esa lesión, ha estado viendo líneas en objetos, y solo con un par de vidrios especiales