Hacia finales del siglo XIX, Allen Walker se une oficialmente a la organización de Exorcistas que destruyen a los seres conocidos como Akuma; armas mecánicas fabricadas por el Conde del Milenio con las almas sufrientes de los muertos. Allen tiene un ojo maldito y un arma anti-Akuma como brazo, con el poder de la "Inocencia", un regalo que se le dio como apóstol de Dios. Allen, junto con sus compañeros exorcistas, debe poner fin a la trama definitiva del Conde del Milenio que podría llevar a la destrucción del mundo