Han pasado 32 años desde la derrota inicial de los Invasores. A.E.G.I.S está casi desmantelado ahora y se ha convertido en una organización clandestina que consta de solo unos pocos Guardianes de la Puerta para salvar a la humanidad. Uno de los miembros, Ayane Isuzu, está harta de la sociedad en su conjunto, aunque continúa derrotando a los Invasores por rencor a su padre. De repente, se entera del renacimiento de Machine General (Kikai Shogun) y Devil Count (Akuma Hakushaku), pero una misteriosa chica fantasma ahora los acompaña.