Es Tokio, 1969. La Tierra está bajo el ataque de los "Invasores". "Afortunadamente, sin embargo, el público no es consciente de esto. Pero para la orginazation secreta, A.E.G.I.S., la amenaza es muy real, y depende de ellos detener esta invasión. Un día en su camino a la escuela secundaria, Ukiya Shun observa una batalla entre una niña y un grupo de Invasores. Termina ayudándola y descubre que al igual que la niña, posee la capacidad de generar una" puerta "de poder especial que solo unas pocas personas más son un regalo