Satoshi y sus amigos viajan a LaRousse, donde conocen a un niño llamado Tooi que tiene miedo de Pokémon debido a un incidente que ocurrió cuatro años antes. Mientras tanto, Deoxys, un Pokémon del espacio, ha reaparecido, poniendo una barrera alrededor de la ciudad y secuestrando personas. Rayquaza, un Pokémon que vive en la atmósfera, viene a luchar contra él.

(Fuente: Anime News Network)