En el año 2000, una red central masiva llamada Comnet une los ordenadores del mundo, formando un único sistema informático global. Comnet, diseñado para servir a los intereses de la humanidad, está gestionado por el superordenador Grosser. Pero cuando Grosser decide apoderarse del mundo, ¡se necesita un salvador!

Una niña analfabeta informática llamada Yui Kasuga se encuentra con el programa de software IR, que la recluta como salvadora de Comnet y la lleva al mundo virtual interior. Allí, a Yui se le da el