En 1999, una nave espacial alienígena gigante se estrella en la isla de Ataria del Sur. La humanidad procede a intentar reconstruir esta maravilla, pero los conflictos políticos centrados en Macross resultan en una guerra global. Después de 10 años, las Guerras de Unificación finalmente han terminado, el nuevo Gobierno de la Tierra de las Naciones Unidas está en el poder y el trabajo en el Macross está completo.

El día de la ceremonia de lanzamiento, su cañón principal se dispara por sí solo, destruyendo una nave espacial alienígena. Este fatídico día marca el comienzo de la